Den Zweiten Weltkrieg überstand das Denkmal unbeschädigt. In der DDR war es für die Machthaber jedoch ein Zeichen für Feudalismus und „Reaktion“. Deshalb wurde das Burschenschaftsdenkmal mutwillig beschädigt, die Fenster zugemauert und 1963 die im Inneren stehenden Statuen von Otto von Bismarck, Wilhelm I., Carl August von Sachsen-Weimar-Eisenach, Helmut von Moltke und Albrecht von Roon zerstört. Schweren Schaden nahm insbesondere das Deckengemälde durch die nach dem Zumauern der Fensteröffnungen fehlende Belüftung. Neben den Plänen für eine Sprengung gab es später auch die Idee, eine Volkssternwarte im Denkmal zu errichten. Nach der Wende und friedlichen Revolution in der DDR und der Deutschen Wiedervereinigung wurden das Burschenschaftsdenkmal und das dazugehörige Hotel „Berghof“ an die Deutsche Burschenschaft zurückgegeben. Diese ließ die Bausubstanz sichern und das Gebäude sanieren. Es ist heute wieder zu besichtigen. Am 24. März 2007 wurde, nach einer etwa einjährigen Rekonstruktion, das ursprünglich von dem Maler Otto Gussmann geschaffene, durch den Maler und Grafiker Gert Weber wiederhergestellte Deckengemälde mit Festveranstaltungen offiziell eingeweiht. Die hohen schmalen Fenster sind aus farbigem Antik- und Opalglas hergestellt. Über ihnen thronen auf goldenem Ornament Adlerpaare. Die Kuppel der Halle zeigt auf Goldgrund das Gemälde der Ragnarök, die Götterdämmerung, den Kampf des germanischen Göttergeschlechts der Asen gegen die Mächte der Finsternis, geschaffen von dem Dresdner Jugendstilmaler Otto Gussmann.